Gamsakhurdia fu eletto presidente il
26 maggio 1991 con l'86% dei voti, ma venne ampiamente criticato per uno stile di governo duro ed autoritario. I nazionalisti ed i riformisti unirono le forze in una coalizione in funzione anti-Gamsakhurdia: la situazione divenne tesa, peggiorata dalla grande quantità di armi dell'ex-repubblica sovietica a disposizione dei partiti e dal crescere dei gruppi paramilitari.
Le celebrazioni per la riconquistata autonomia furono così presto soppiantate dal rumore dei violenti combattimenti che si svolsero nelle vie di Tbilisi nel dicembre del 1991, quando per due settimane le guardie nazionali ribelli e altre forze paramilitari combatterono nel centro cittadino per rovesciare il presidente.
Il 22 dicembre 1991 i gruppi armati dell'opposizione lanciarono un violento colpo di stato militare contro Gamsakhurdia ed i suoi sostenitori nella formazione del governo centrale a Tbilisi; Gamsakhurdia riusci a eludere i suoi nemici e fuggì nella repubblica russa separatista di Cecenia nel mese di gennaio del 1992. Eduard Sevardnadze fu invitato a presiedere un Consiglio di Stato, e fu poi nominato presidente dal parlamento nel mese di marzo del 1992 per dare un veste moderata al regime che era stato stabilito dopo l'uscita di Gamsakhurdia.
Il periodo immediatamente successivo all'indipendenza fu caratterizzato da sanguinosi conflitti interni. La tregua stipulata il 24 giugno 1992 pose fine ai combattimenti che si protraevano sin dal 1989 fra i georgiani e i ribelli della regione autonoma dell'Ossezia meridionale. Tuttavia, nell'agosto dello stesso anno, scoppiò un conflitto ancora più grave in
Abkhazia. Un tempo fiore all'occhiello dell'Unione Sovietica grazie alle sue rinomate località balneari, l'Abkhazia godeva di un tenore di vita estremamente elevato per gli standard del tempo e, in quanto musulmani, gli abkhazi guardavano verso il Caucaso settentrionale piuttosto che verso la Georgia, nonostante fossero stati assorbiti dal regno georgiano nel corso del Medioevo.
Dopo l'arrivo dei sovietici nel 1921, l'Abkhazia fu proclamata una repubblica
indipendente e in seguito accorpata alla Repubblica Sovietica della Georgia. A partire dagli anni '30 fu incoraggiato il trasferimento di un gran numero di georgiani nella regione, e la popolazione abkhaza arrivò nel 1989 ad essere addirittura solo del 18%. Nel 1921 Mosca decretò che la lingua abkhaza doveva essere scritta in caratteri latini, nel 1938 si adottò il georgiano e dopo il '54 si passò al cirillico. All'epoca delle riforme di Gorbaciov gli abkhazi iniziarono a pretendere una maggiore autonomia culturale e politica e cominciarono in Georgia a manifestarsi i primi sintomi di nazionalismo. La richiesta del soviet supremo abkhazo di ripristinare lo status della regione quale repubblica autonoma rappresentava per i georgiani una vera provocazione.
